Vývoj po porážce na Bílé Hoře se ubíral zcela odlišným směrem, než si čeští stavové představovali. Habsburský dvůr v čele s Ferdinandem II. obrátil svůj hněv nejdříve proti hlavním předtavitelům českého stavovského odboje, jejichž život v 27 případech skončil 21.června r. 1624 na popravišti, a ti, kterým se podařilo uprchnout, byli odsouzeni v nepřítomnosti. V podstatě všichni účastníci těchto pohnutých událostí byli potrestáni ztrátou majetku - konfiskacemi v nebývalém rozsahu. Královská komora tak získala majetek, který si mohli výhodně kupovat nebo jím byli odměňováni všichni věrní - katolická šlechta, cizí úředníci či důstojníci císařské armády.
Jedním z předních iniciátorů stavovského povstání a protagonistů všech důležitých událostí byl majitel Svijanského panství Jáchym Ondřej Šlik. Vzápětí po bitvě na Bílé hoře využil možnosti k útěku ze země. Ještě se krátce zastavil ve Svijanech a pak pokračoval do Lužice, kde doufal, že najde útočiště u dvora kurfiřta saského. Jeho naděje se však nesplnily, protože ten se již přikláněl na stranu Habsburků. Šlik se proto ukryl u svého příbuzného Kryštofa Räderna na Frýdlantě a očekával, zda budou panovníkem vyslyšeny jeho prosby o milost. Hned na začátku r. 1621 však byl mimořádným pražským tribunálem odsouzen ke ztrátě „hrdla, cti a statků“ a tabule s jeho jménem měla být pro výstrahu přibita na šibenici.
Šlikův osud byl však nakonec společný s osudem ostatních druhů. 27.května 1621 byl z rozkazu právě saského kurfiřta na Frýdlantě zajat a odevzdán na Pražský hrad před soud. Nový rozsudek byl ještě krutější než původní. (Měla mu být zaživa uťata pravá ruka a tělo pak rozčtvrceno). Nakonec však panovník přece je vyhověl prosbám Šlikovy manželky a milost byla udělena v tom, že byl 21.června popraven spolu s ostatními odsouzenci a teprve pak vykonány ostatní části rozsudku. Zároveň propadl královské komoře jeho majetek. Jednalo se o celé Svijanské panství, k němuž náležel kromě zámku poplužní dvůr a dvůr s pivovarem v Dařenicích. Další součástí byly i vesnice na Pěnčínsku - Pěnčín, Vitanovice, Střížovice, dále pak Nudvojovice (s poplužním dvorem), Lažany, Modřišice, Doubí, Podolí, Břehy, Březina, Blata, Loukov, Sezemice, Drahotice, Újezd, Soběslavice, Padařovice, Jirsko, Havlovice, Vlastibořice, Třtí, Sedlíšťky, Vrchovina, Sedlejovice, Jivina, Radostín, Rádlo, Rychnov a další, které byly centru panství více vzdálené. V podstatě toto vše získal Šlik po své první manželce Anně Kateřině Vartemberkové rozené Smiřické. Jeho druhé choti Žofii (Uršula) roz. z Opperštorfu ponechal nyní panovník pouze jistinu na věno, které do manželství vznesla, a jako náhradu pak od Valdštejnů získala dvůr v Nudvojovicích.
Další osudy Svijanského panství a jeho poddaných byly na dalších dvacet let spojeny s osobou Albrechta z Valdštejna, který tento majetek výhodně koupil od královské komory již 27.7. 1622. Vzápětí získal sousední rozsáhlé území Turnovska, jež bylo konfiskováno rodu Smiřických. Na část tohoto majetku uplatnil Valdštejn nárok jako jejich příbuzný, zbytek získal náhradu za válečné výdaje ve službách Habsburků. Současně ovládal i Frýdlantsko a Liberecko, jež do budoucna tvořily základ právně téměř samostatnému vévodství, které v následujících letech nebývale rozšířil díky císařovským darům či výhodnými koupěmi, samozřejmě ve většině případů velmi pochybným způsobem.
Vzhledem k značné politické a vojenské angažovanosti, která často odváděla Valdštejna mimo jeho panství, povoloval brzy do své blízkosti vzdáleného příbuzného Maxmiliána (2.syn vzdáleného strýce Adama z Valdštejna, nejvyššího purkrabí českého). Jemu propůjčil již 9. listopadu 1624 v léno část svých území - Svijany, Klášter, Zvířetice se Studenkou, Valečov a Loukovec. V květnu 1628 učinil další prozřetelný krok, když ho s císařovým povolením a schválením ustanovil svým hlavním dědicem. A právě na výše uvedený majetek se vztahovala výsada, že neměl být novému majiteli konfiskován ani v případě, že by se některý z příslušníků rodu dopustil velezrady. To se ukázalo jako rozhodující pro další osudy panství v době Valdštejnova spiknutí proti císaři a jeho zavraždění v roce 1634.
Svá obrovská území spravoval Albrecht z Valdštejna prostřednictvím kanceláří a úředníků, kteří pracovali pod přísným dozorem podle přesných instrukcí. Příjmy plynuly jak z vlastního vrchnostenského hospodářství, tak z nemalých poplatků a jiných povinností vesnického a městského obyvatelstva. O každé panství se staral hejtman. V prvních několika letech byly pod správou tohoto úředníka, jímž byl tehdy Václav Dobranovský z Dobranova, spojeny Svijany s Rohozcem, Hrubou Skálou a Turnovem. Od r. 1628 byl pro Svijany stanoven samostatný hejtman Jindřich Kapoun ze Svojkova. Pro nesrovnalosti v účtech ho však Valdštejn brzy potrestal vězením a již v r. 1630 ustanovil hejtman Fridricha Hoberka z Hendrštorfu, který v tomto úřadu setrval následujících 25 let.
I když byly tyto oblasti alespoň částečně ušetřeny válečných konfliktů, daňové zatížení a další povinnosti pracovní představovaly velké břemeno vzhledem k nákladné vojenské aktivitě Valdštejnově, který z vlastních zdrojů živil armádu. Když např. byl v r. 1625 žádán císařem o pomoc, vyzbrojil na svém území 24 tisícovou armádu, která byla doplňována i z místních zdrojů.
V r. 1631 se zase usadil císařský generál Trifenbach u Mladé Boleslavi a jeho oddíly vyjížděly loupit a násilně shánět potravu až do tohoto kraje.
Při Valdštejnově tažení v r. 1632 se stal hlavním centrem vojenských příprav Turnov, kam bylo z širokého okolí sváženo obilí a další zásoby nezbytné k vybavení armády.
Když byla v r. 1624 prováděna revize hospodářské správy valdštejnského panství, byl vévoda nemile překvapen zjištěnými nedostatky. Poddaní na mnohých místech odmítali platit daně, že prý již nic nemají. Navíc v tomto roce uhodily silné mrazy s přívalem sněhu, pak následovaly po rychlé oblevě rozsáhlé povodně. Svým úředníkům však Valdštejn přikázal, aby dlužné částky byly bez pardonu vymáhány.
Pravděpodobně za účelem této revize byla v r. 1624 sepsána urbární registra Svijanského panství, která představuje první ucelný přehled o rozsahu vrchnostenského hospodářství i poddanských povinnostech. Ve vlastní režii se v této době hospodařilo na 6 dvorech, při zámku svijanském byl pivovar, na panství pak 2 ovčíny, 4 mlýny, l pila, 23 rybníků. K panskému hospodářství patřila i řeka Jizera a 2 větší potoky, lesy a při některých dvorech zahrady a štěpnice.
Druhou, ještě významnější částí příjmů, byly stálé platy vybírané ve dvou splátkách - na sv.Jiří a sv. Havla. Podle velikosti hospodářství byly stanoveny i roboty (předešvším o žních) a naturální dávky (slepice). Ve vsi Pěnčín hospodařilo v r.1624 9 poddaných s koňskými potahy, kteří odváděli ročně celkem 38 kop 17 gr úroků a robotovali 136 dní v roce, což činí 15 dní na l usedlost ročně. K největším poplatníkům patřil Jan Karban (pololetně odváděl 3 kopy 38 gr a robotoval 24 dnů ročně).
Dále v Pěnčíně hospodařili: Martin Petřík, Adam Mašků, Havel Šejnoch, Jan Hloušek, Mikuláš Jirčák, Jiří Chramosta, Jan Mašků, Jakub Hrzek. Na panských pozemcích hospodařili Krištof Mohelský, jenž neodváděl platy, pouze byl povinen 2 dny roboty. Někteří sedláci na svých pozemcích postavili chalupu, kterou pronajímali - zde Jiří Chramosta měl v nájmu kováře a Havel Šejnoch měl ve své nové chalupě podruhy bez robotní povinnosti.
Ve Vitanovicích žilo 6 hospodářů, z nichž byl 1 chalupník bez koňského potahu. Celkem platitli 10 kop 56 gr, robotovali 78 dní (průměrně 13 dní ročně), v naturáliích odváděli pouze 6 slepic. Podle odváděných platů lze usuzovat, že šlo o usedlosti daleko menší a chudší, než jaké byly v Pěnčíně. Nalezneme zde tato jména: Matěj Bloudil, Šimon Bloudil, Matouš Dresler, Jan Vávrů, Václav Václavec, Jiřík Trčkův. Obdobný charakter měly i Střížovice, kde byly usedlosti ještě menšího rozsahu. Hospodařil zde Jiřík Mráz, Šimon Sedlák, Jiří Benák a nejmajetnější z nich Gabriel Fibigar - tedy 4 osedlí s koňskými potahy. Úrok byl poloviční než v Pěnčíně. Robotovali všichni po 12 dnech, kromě G. Fibigara, který byl povinen dvojnásobným počtem robotních daní. Na třech gruntech byly pronajímány zpustlé chalupy a nájemce každé z nich byl povinen 2 dny roboty. Stejné povinnosti měli i usedlí na panském majetku Vavřinec Patočka a Anna Davidka. Celkem na panství svijanském bylo toho roku 364 usedlých, z toho 278 s potahy.
Tento program dokládá, že Valdštejn ještě v této době přičítal velký význam hospodaření ve vlastní režii. Jeho dvory mohly zásobovat potravinami vojenské oddíly, pily zpracovávaly dřevo z okolních lesů na materiál tolik potřebný při stavební aktivitě jak v Jičíně, tak v Praze.
Zároveň je pochopitelný zájem o přesnou evidenci podanných, jejichž daňové povinnosti představovaly nemalý a hlavně pravidelný přísun finančních prostředků v hotovosti. Jinak byla oblast Svijanska mimo hlavní Valdštejnovy hospodářské zájmy vzhledem k tomu, že se zde nevyskytovaly např. rudy či drahé kovy a ani zemědělství nedosahovalo vynikajících výsledků.
Kromě všech neblahých důsledků třicetileté války se v životě obyvatelstva objevuvje ještě další faktor, který komplikuje životní podmínky. Jednalo se o protireformační úsilí katolické církve, která nejdříve zasáhla proti Jednotě bratrské (její sbor v Turnově byl zcela zničen).
Zatímco ještě v r. 1622 byly fary v Turnově, v Loukově, na Všeni a jinde obsazeny evangelickými kněžími a např. v lednu 1624 konalo literátské bratrstvo v Turnově slavné bohoslužby s přijímáním podobojí, již v dubnu tohoto roku vydal Albrecht z Valdštejna knížecí dekret o obracení poddaných ke katolické víře. Protireformační úsilí vyvrcholilo v r. 1627 vydáním Obnoveného zřízení zemského, jímž bylo v Čechách povoleno pouze katolické náboženství. Přestože Valdštejn prosazoval rekatolizaci na svých panstvích i s použitím vojenské síly, setrvávalo obyvatelstvo mnohde u staré víry také díky nedostatku katolických kněží. Ti obhospodařovali i několik farností najednou, a tak teprve odstraněním tohoto nedostatku až v poválečných letech došlo k naplnění záměrů katlické církve plně podporované habsburskými panovníky i majiteli jednotlivých panství.
Po závratné kariéře Albrechta z Valdštejna následoval prudký pád a potupná smrt v chebském hradě r. 1634. Rozsáhlá území, konfiskována císařskou komorou, byla vzápětí rozdělována především cizincům a všem věrným za jejich zásluhu.
Pouze ta panství, která v r. 1628 potvrdil císař Maxmiliánovi z Valdštejna jako dědičná, tedy i Svijany, mu byla nyní ponechána. Aby se tento dědic zbavil podezření ze spoluviny na Albrechtových plánech, vystupoval co nejhorlivěji především ve vztahu k císaři a tím i katolické církvi. Svou loajalitou prokazoval např. v r. 1638, když plně podporoval na svých panstvích činnost protireformační komise, která byla ustavena pro boleslavský kraj na základě dekretů nového panovníka Ferdinanda III. Za pomoci místních farářů a samozřejmě majitelů jednotlivých panství prováděla kontrolu, zde je dodržováno nařízení o vyznávání katolické víry jako jediné. Členové komise zpovídali obyvatele měst i poddané na venkově. Poučovali je a velkou pozornost věnovali náboženské výchově dětí. Při prohlídkách domů také zabavovali „kacířské knihy“ a na místě je hned pálili. Použití různých forem nátlaku se většinou nemíjelo účinkem a obyvatelstvo ke katolictví postupně předstupovalo.
Již o rok později bylo zdejší území vystaveno vpádu švédské armády. Tato situace sice umožnila dočasný návrat některých exulantů či vyznávat opět víru podoboji, ale přinesla zároveň bezohledné drancování měst i venkova vojenskými oddíly, které skončilo vpodstatě až vestfálským mírem uzavřeným v r. 1648. Habsburkové sice upevnili svou pozici ve střední Evropě, ale i v dalších letech se pouštěli do nákladných, válečných dobrodružství. A v těchto plánech hrály zásadně důležitou úlohu finance. Tak jako si v r. 1624 nechal Albrecht z Valdštejna zpracovat soupis majetku a poddanských povinností, přistoupil k tomuto kroku v pol. 17 stol. stát.
Jednalo se především o to, zjistit skutečný stav poddanských hospodářství (dříve rustikál) a podle toho stanovit daňové povinnosti jako základ finančního hospodaření státu. Do jednotlivých krajů se rozjely visitační komise, které prováděly jmenovitý soupis poddaných a velikosti jejich hospodářství. Podle tohoto kriteria bylo provedeno dělení na sedláky, zahradníky a chalupníky. Pro Pěnčínsko je zachován opis vizitačního zápisu z r. 1684, který uvádí aktuální údaje, jež jsou porovnány s údaji berní ruly v r. 1654. Situace se v této oblasti v ničem nezměnila. V souhrnu lze říci, že převaha selských usedlostí na Pěnčínsku dotvrzuje středověký původ zdejších vsí, přičemž jejich počet se v této době pravděpodobně neliší od stavu ve 13. - 14. století. Na Svijanském panství, jak naznačil už soupis z r. 1624, patřil Pěnčín se Střížovicemi a Vitanovicemi spíše k menším vsím, kdy velikost selských gruntů jen výjimečně přesahovala stanovenou měrnou jednotku, kterou byl 1 osedlý.
I po třicetileté válce hospodařilo v Pěnčíně 9 sedláků, za pustou byla označena pouze 1 zahradnická usedlost. Vitanovice přišly o l selskou usedlost, přičemž velikost gruntů zůstávala v podstatě nezměněna. Stejná situace byla i ve Střížovicích se 4 sedláky. Sousední vsi byly většinou v té době početnější (Svijanský Újezd 15, Příšovice 19 a Soběslavice 10 selských stavení). V okolí nejvíce postihla válka blízké Albrechtice, které byly zpustošeny zcela.
Tento přehled naznačuje, že situace na Pěnčínsku nemusela být nějak kritická. Ale na základě celkového hodnocení poměrů v zemi i podle konkrétních údajů v soupisu lze usuzovat, že v této době byla obdělávána asi jen polovina polí, které k usedlostem náležely.
V Pěnčíně hospodařil na bývalé usedlosti Jana Karbana největší sedlák ve vsi Václav Kvapil, ale i ten z 55 korců osíval jen 30 korců (l korec = l strych = 0,288 ha). Za ním podle velikosti majetku následovali Matěj Kozderka (dříve Jiří Chramosta) a Martin Patočka (po Havlu Šejnohovi) - k oběma usedlostem náleželo po 40 korcích půdy, ale osívána byla opět jen polovina. Nejmenší osev byl prováděn na pozemcích Vavřince Bartoňka (dříve Mikuláš Jirčák) - z 28 korců osíval jen 11 a Jan Čechota (po Janu Hlouškovi) z 30 korců osíval 13. Na každém selském gruntu se používaly 2 koňské potahy, chovaly se krávy, jalovice, prasata a drobná drůbež.
Ve Vitanovicích nalezneme zpustlé selské stavení původně patřící Václavu Václavcovi, v r. 1654 označené jako Fibigarovské s 21 korci polí. Zpustlé byly i 4 drobné zahradnické usedlosti. Vzhledem k tomu, že v r. 1624 bylo jméno Gabriela Fibiga zapsáno ve Střížovicích, lze předpokládat, že některý z členů rodiny přesídlil do Vitanovic. Průměrná výměra polí se zde pohybovala kolem 20 korců, osévána byla opět jen polovina. Stejná situace byla i ve Střížovicích, kde byl největším sedlákem Matěj Dalda s 27 korci polí, ve Vitanovicích Jan Hanzlů, který vlastnil 34 korce. Kvalita polí byla v této oblasti označována jako prostřední.
I když i ve druhé polovině 17 století nadále existovalo režijní panské hospodářství, situace se v důsledku války značně změnila. Výrazný pokles počtu obyvatelstva (v celozemském měřítku o 20 %), i když nebyl na základě údajů berní ruly na svijanském panství tak vysoký, přinutil majitele, aby využívali poddané v daleko větší míře k obhospodařování panských pozemků. V druhé polovině 17. století se jednalo v průměru o 3 dny roboty týdně, mnohdy i více, zvláště při sezónních pracích. Byla také omezována svoboda pohybu poddaných. Přes veškerou snahu tyto šlechtické velkostatky většinou nebyly tak ekonomicky výnosné na rozdíl od období předbělohorského. Tento stav byl ovlivňován i zhoršenou úrovní života poddaných, jejichž postavení právní (nevolnictví) bylo změněno až patentem Josefa II. na konci 18. století. Úroveň poddanských hospodářství se měnila jen pozvolna, a to spíše co do rozsahu užívané a obdělávané půdy. Jejich daňové zatížení stoupalo během následujících desetiletí postupně až na 70 % výnosů poddanských hospodářství.
Válečná střetnutí na počátku vlády Marie Terezie (válka o dědictví rakouské, sedmiletá válka) vedla panovnici a její dvůr k zahájení zásadních sociálních a ekonomických reforem. Základem ekonomiky státu byly daně (kontribuce), jež byly sice od poddaných vymáhány, ale majiteli panství velmi liknavě odváděny. Proto byly jednak zřízeny nové centrální úřady politické a hospodářské správy a jednak se téměř po sto letech přistoupilo v roce 1748 k novému soupisu podanské půdy tzv. tereziánskému katastru jako základu pro nový výpočet daňového zatížení. To však zůstávalo i později stále značně vysoké vzhledem k velké zadlužnosti státní pokladny.
Údaje z tereziánského katastru jsou zajímavé jako důležitý pramen k porovnání s obrazem vsí se stavem před 100 lety. Pro svijanské panství jsou k dispozici údaje ze soupisu pořízeném v r. 1713, jehož údaje byly později zkontrolovány a použity pro tereziánský katastr. Při celkovém hodnocení lze konstatovat, že půda patřící k poddanským selským usedlostem se co do rozsahu téměř zdvojnásobila a zmenšila se plocha neobdělávaná, ležící ladem. Stav hospodářského zvířectva se téměř nezměnil. V některých případech hospodařili sedláci i na půdě zčásti pronajaté. Znatelný je takovýto posun právě v Pěnčíně. Značně rozšířil své polnosti např. Václav Hobrlant. V roce 1654 hospodařil na této usedlosti Václav Kalivoda na 35 korcích (osíval 18 korců), nyní se hospodařilo na 79 (62 bylo osíváno). K největším sedlákům patřil Václav Kozderka (v r. 1654 Matěj Kozderka) - hospodařil na 94 str., z něhož 30 měl pronajato od vrchnosti a osíval 69 str. Jan Zakouřil zvětšil hospodářství o 35 strychů půdy (osíval 55). Když v r. 1654 hospodařil Jakub Hloušek na 30 str., osíval pouhých 17 str.
Objevují se zde i nové chalupy. Jan Mráz, který z bývalé usedlosti Václava Kvapila odkoupil 28 strychů pole, postavil si zde i novou selskou chalupu. Přibyla i drobná chalupnická a zahradnická hospodářství, ke kterým patřily 3 - 4 str. půdy a v chlévě byla jedna kráva. Na místě Přibyslavského stavení, zpustlého koncem 30leté války, založil své hospodářství Jan Kamenský, nové chalupy si postavili Daniel Škréta a Daniel Pelant. Zajímavý je i zápis, který udává, že v obecních chalupách zůstávají krejčí Jan Darschmidt, Václav Dack, Jan Pořádnej s daněmi 35 krejcarů a Václav Kozderka, který neplatí nic. Je zde dále poznamenáno, že „jsou všichni nuzní nádeníci“.
Celkem bylo v Pěnčíně evidováno v pol. 18.století 678 strychů půdy a osívalo se 487 strychů, tj. asi 2/3 veškeré půdy, což bylo oproti stavu před 100 let značné zlepšení.
Obdobná situace byla i ve Střížovicích, kde se však rozloha tří poddanských hospodářství pohybovala mezi 30 - 40 strychy, jež byly opět osívány ze 2/3. Na úroveň bohatších pěnčínských sedláků se dostal Václav Hobrlant se 70 strychy (osev 5 str.), čímž zásadně rozšířil původní usedlost Matěje Daldy, který vlastnil pouze 27 strychů. Navíc jsou zde zaznamenáni 4 domkaři bez polí a Jan Sedláček, který osíval pouze jeden strych pronajatý od obce. Ve Střížovicích najdeme u dvou sedláků podruhy - byli to Jiří Havlík a Jan Jacobi, oba krejčí, kteří se živili nádenickou prací.
Je tedy zřejmé, že se zvětšoval rozsah poddanské půdy - rustikál i přes veškeré problémy života poddaných zatížených daněmi, robotami i stále trvajícím nevolnictvím. Vrchnost si nadále ponechávala spíše ty okruhy činnosti, kde trval její monopol - pivovary, mlýny, pily, správa lesů, rybníků a vodních toků, zahrad.
Polovina 18. století znamená určitý předěl dalšího vývoje, který představovaly reformy Marie Terezie. Z hlediska místního je však pro další historii tohoto regionu významné připojení po staletí samostatného panství Albrechtice, a tím i obcí k němu patřících, k rozsáhlému majetku svijanskému v r. 1740. Vesnice, které dnes tvoří jednu obec, se staly poprvé součástí společné majetkové držby a vytvořily se tak bližší vzájemné vazby, což ještě v následujícím století hrálo úlohu při organizaci státní správy a samosprávy.