Vpád husitského vojska od Pojizeří v roce 1420 byl prozatím ojedinělý a ještě nezajistil husitům trvalé ovládnutí tohoto kraje. Vesnické obyvatelstvo bylo postiženo v těsné blízkosti postupujícího oddílu, ale ve vzdálenějších oblastech se v jeho postavení a způsobu života mnoho nezměnilo. Opuštěného panství se prozatím ujal král, ale netrvalo dlouho, kdy se naskytli zájemci o tato území. Již v září 1420 připsal Zikmund značnou část hradištského panství za věrné služby Janovi z Ralska, a tak zde byla katolická moc opět obnovena.
Válečné události se na Hradištsko znovu přenesly v polovině dvacátých let a teprve ony způsobily zásadní majetkové přesuny ve prospěch husitského tábora. Po ovládnutí Turnova s Valdštejnem obsadily v letech 1425 - 1426 největší část území oddíly Jana Čapka ze Sán. Jednalo se předevím o samotné Hradištsko a Českodubsko, severnější oblasti (Ralsko, Bezděz), ale také Kost, Trosky, Skálu (Hrubou) a Malá Skála, později i Frýdštejn. Z tohoto přehledu je zřejmé, že se katolickou moc podařilo zcela ochromit.
Právně byly tyto nově utvořené majetkové poměry včetně ztráty majetku katolické církve zakotveny až v podmínkách míru po bitvě u Lipan spolu s přijetím čtyř pražských artikulů. O církevní panství se tehdy podělili nejen stoupenci husitské strany, ale i šlechtické rody vyznání katolického. Oficiálně potvrdil císař Zikmund tyto územní dražby v roce 1436.
Jan Čapek ze Sán, významný husitský vojevůdce, si nechal potvrdit vlastnictví dubského panství (se Sovenicemi a Sezemicemi), Kláštera Hradiště se sousedním městečkem a okolními vesnicemi.
Značné majetky získal Heník z Valdštejna na Vranově (M.Skála), mimo jiné i dvůr ve Svijanech s okolními vesnicemi. Svého majitele změnilo i Pěnčínsko, které v roce 1436 dostal do zástavy Bohuš z Kováně. Ten již v roce 1406 získal se svým bratrem Vaňkem panství Frýdštejn a vladyctví ve Vlastibořicích (ty později koupil Jan z Doubravice).
Po celé období husitských válek stál tento šlechtic na straně katolické. V r. 1432 vtrhl na jeho panství Jan Čapek ze Sán a oblehl s husitským vojskem hrad Frýdštejn. Bohušovi z Kováně se podařilo uzavřít s husitským vojevůdcem smlouvu a uchránit své panství od větší zkázy. Přes tyto problémy setrval v panovníkově táboře, za což v r. 1436 získal některé vsi na území bývalého klášterního panství - Pěnčín, Vitanovice, Střížovice, Újezd, Padařovice, Loukov a další.
Zajímavé je, že teprve později přestoupil Bohuš z Kováně ke straně kališnické a jako účastník různých veřejných jednání získal přízeň Ladislava Pohrobka i Jiřího z Poděbrad. Díky obdobným aktivitám se v této době dostal do popředí i Heník z Valdštejna. A tak nic nebránilo tomu, aby příslušnost k jednomu politickému táboru i dobré sousedské vztahy stvrdili sňatkem svých dětí.
Mladému Hynkovi z Valdštejna přinesla Kateřina z Kováně bohaté věno. Jeho součástí byly i vesnice Vitanovice, Střížovice, Újezd a další. Frýdštejnské panství, na jehož území Pěnčín nadále zůstal, spravoval po smrti Bohuše z Kováně poručník jeho nezletilých dětí Jan Zajíc z Hazmburka. Ten se neblaze zapsal do následujících událostí.
V 60.letech se Jiří z Poděbrad dostal do sporu s městy ležícími na území Lužice, k nimž se připojila značná část šlechty severních Čech a mezi ní právě Jan Zajíc z Hazmburka. Vojsko boleslavského kraje bylo v tažení proti odboji r. 1467 úspěšné, ale hned následujícího roku nastal obrat.
Od severu přes Podještědí na území Turnovska a Hradištska náhle vtrhlo početné lužické vojsko (více než 8000 pěšáků a jezdců). Byl vypálen Dub, Hradiště, vojáci ničili a drancovali vesnice, které jim stály v cestě. Hlavní voj procházel údolím Mohelky a dále směrem k Turnovu přes Loukovec, Loukov a Svijany.
l.června 1468 si právě zde na pravém břehu Jizery, tedy v bezprostřední blízkosti Pěnčínska, zřídil hlavní ležení. Tábor vojenské hotovosti, narychlo sebrané turnovskou vrchností, byl vybudován na protějším břehu Jizery. Lužičanům se však vzhledem k početní převaze podařilo 4. června dobýt Turnov a vydrancovat okolní vesnice.
Nevíme však, zda takto postižen byl přímo i Pěnčín. Naštěstí se směrem od Jičína blížilo na pomoc královské vojsko. Vítězství nad Lužičany bylo pak dosaženo ne silou, ale spíše lstí. Když se nepřátelská vojska vracela od Turnova zpět do svého ležení, byly vypuštěny tři sousední rybníky (Žabakor, Žďárský a Žehrovský) a celá oblast zaplavena. Vítězný pochod dobyvatelů se změnil ve zmatený úprk. Odbojní šlechtici byli postupně donuceni k poslušnosti.
Husitské války i pozdější rozpory šlechty negativně ovlivnily hospodářský vývoj této doby. Ten byl navíc komplikován novými morovými epidemiemi (např. v r. 1483 a 1520). V důsledku těchto událostí např. poklesl počet obyvatelstva, ponejvíce venkovského, a to asi o 40 - 50 %.
Feudální vrchnosti proto musely hledat při nedostatku pracovních sil a tím i příjmů nová řešení. Byl omezován pohyb obyvatelstva, především odchod vesničanů do měst, a poněkud se zvyšovaly robotní povinnosti. Jedním z důležitých zdrojů peněžních příjmů se stalo podnikání v poddanských městech a městečkách a hospodaření na feudálním režijním velkostatku.
Koncem 15.století a především ve století 16. šlechta budovala na venkově dvory, kde hospodařila ve vlastní režii. Kromě stálých zaměstnanců zde pracovaly námezní síly a jen menší část prací byla zajišťována robotami. V našem kraji byl takový dvůr například ve Svijanech, kde se vzhledem k poloze a kvalitě půdy pěstovalo především obilí. To se využívalo nejen pro vlastní potřebu, ale bylo zpracováno v panských mlýnech a pivovarech, s jejichž produkty se pak obchodovalo.
Rozmanité podnikání a zavádění nových způsobů hospodaření vyneslo mezi nejbohatší šlechtu rod Smiřických (mimo jiné vlastnili panství Skály - Hrubá Skála). Vedle nich vynikli také Vartemberkové. Ti především od dvacátých let 16. stol. úspěšně rozmnožovali své majetky. Jan z Vartemberka nejprve přikoupil k dubskému panství, které zdědil po otci v r. 1503, panství zvířetické a Hradištsko, poté nabyl Frýdštejn, Rohozec a Skály (Malá Skála). Tak se postupně vesnice na Pěnčínsku znovu vrátily pod správu jednoho majitele.
