Jan z Vartemberka jako nejvyšší purkrabí panovnického dvora byl známý svými úspěchy politickými i hospodářskými. Pečoval o rozkvět panství, prosperitu hospodářských dvorů i rozmach řemesel ve městech (příkladem může být rozvoj Turnova v 16. století). Podmínky života na venkově se za jeho vlády poměrně zlepšily. Jako utrakvista přispěl také k šíření víry podobojí v tomto kraji. Navíc byl tolerantní i k Jednotě bratrské vzhledem k svému přátelství s Kunrátem Krajířem z Krajku, pánem na Boleslavi. Ten patřil k velkým příznivcům a ochráncům této církve. Je zajímavým historickým paradoxem, že Klášter Hradiště se stal v této době jedním z významných středisek Jednoty bratrské a byl nazýván biblickým Sionem.
V r. 1543 však Jan z Vartemberka zemřel a správy majetku se ujal jeho syn Adam, který bohužel již neoplýval otcovými schopnostmi. Tento fakt se stal osudným pro další existenci rozsáhlého vartemberského panství. V r. 1546 totiž tento šlechtic, toužící po politické kariéře a slávě, jaké dosáhl jeho otec, stál na neúspěšné straně nastávajícího konfliktu. Ferdinand Habsburský vyzval české stavy k sebrání vojska a daní na pomoc německému císaři Karlovi V. proti odbojným knížatům. Mnohá královská města s částí šlechty tehdy vypověděla panovníkovi poslušnost, což vedlo v následujícím roce k otevřené roztržce. Především nejednotnost spojenců přinesla panovníkovi vítězství a zároveň příležitost vypořádat se s nepřáteli, a tak upevnit moc Habsburků na českém trůnu. Tvrdě zasáhl i proti Jednotě bratrské. V říjnu vydaný mandát proti „pikartům“ odsoudil mnoho členů této církve k emigraci. Její další působení zde bylo velmi ztíženo a dalo by se nazvat spíše živořením. Tento první krok znamenal pouze předzvěst pozdějších úspěchů katolické strany.
Rozsudkem krále byly 23. června 1547 konfiskovány Adamovi z Vartemberka všechny jeho statky a majetky pouze s výjimkou Zvířetic a Hradiště. I zde však byla jeho vlastnická práva značně omezována. Navíc bylo ustanoveno, že se Zvířetice stanou doživotním vězením tohoto odbojného pána.
Po deseti letech prodala královská komora dvě bývalá vartemberská panství Dub a Frýdštejn šlechtici německého původu Janovi z Opperstorfu. V té době se Adamovi podařilo dosáhnout královské milosti v tom, že mohl prodat svá dvě panství, místo nichž získal znovu Rohozec a Skály.
Když v r. 1564 Adam z Vartemberka zemřel, nejstarší syn zdědil rohozecký díl, dva mladší synové si rozdělili panství Skály. Poprvé bylo tehdy odloučeno Svijansko jako samostatná jednotka určená pro nejmladšího z bratrů, tehdy ještě nezletilého Jaroslava z Vartemberka. Na tomto nově vytvořeném panství ležel i Pěnčín s Vitanovicemi a Střížovicemi. Později v r. 1586 po smrti nejstaršího Kryštofa byl majetek ještě zvětšen o některé části panství rohozeckého (např. o 1/4 Turnova) a připojeny také vesnice z oblasti Hradištska (Sezemice, Loukov, Březina, Žďár). Dokladem obnovené hospodářské prosperity i osamostatňování svijanského pána byla výstavba zámku v r. 1578 na místě již dosluhující tvrze. Konečná dohoda o samostatnosti obou panství a trvalém rozdělení vartemberských majetků mezi bratry Karla a Jaroslava byla uzavřena až v r. 1593.
Vzhledem k blízkému sousedství i zlepšujícím se majetkovým poměrům Vartemberků se manželkou Jaroslava stala Anna Kateřina Smiřická. Manželství však bylo bezdětné, a proto se v r. 1602 stala jedinou dědičkou celého majetku. Po čase přivedla na svijanské panství svého druhého manžela Jáchyma Ondřeje Šlika, hraběte z Holíče a Bassana.
Ač původem Němec dokázal Šlik navázat na hospodářské úspěchy svých předchůdců. Podporoval podnikání a sceloval panství v zájmu vyšší efektovnosti v hospodaření. Tak například v r. 1615 vyměnil se Smiřickými svou část Turnova za statek přepeřský. Díky nárůstu počtu obyvatelstva vznikaly nové osady a rozvíjelo se polní hospodaření. Nejen mezi šlechtu, ale i ostatní obyvatelstvo pronikaly cizí vlivy, především německé, které však po čase přirozeně splývaly s domácím prostředím. Národnostní a jazyková rozmanitost nečinila v soužití lidí té doby vážnější problémy. Šířila se i vzdělanost, a to především prostřednictvím zástupců církve ve městech i na venkově. Tak například na faře při novém kostele v Loukově, který dal Šlik postavit v r. 1610, působili kolem r. 1617 literáti Jan Hrvicius a po něm Pavel Krupius. Ve Vlastibořicích byl literárně činný Jan Campanus Kutnohorský. Vzhledem k tomu, že již od válek husitských vzrůstal počet far obsazovaných otrakvistickými kněžími, došlo k zásadnímu posunu od víry katolické k vyznání podobojí. Na počátku 17.století se k němu hlásilo 70 % obyvatelstva, zatímco katolíků bylo pouhých 10 %. Značná část věřících v některých oblastech příslušela k Jednotě bratrské. Tyto náboženské poměry se staly hlavním zdrojem nadcházejícího konfliktu, který zásadně změnil poměry jak v celém Českém království, tak na zdejších panstvích.
Habsburkové totiž v zájmu posílení své moci podporovali především katolickou menšinu, jejíž šlechtičtí představitelé zaujímali postupně u dvora nejdůležitější úřady. Nespokojenost českých stavů a obrana jejich historických práva korespondující s obdobnou situací v Evropě vyvrcholila v květnu r. 1618 otevřeném stavovským povstáním. Zdejší šlechtici Jáchym Ondřej Šlik, Albrecht Jan Smiřický, Václav Budovec z Budova, Bohuchval Berka z Dubé (majitel Loukovce) patřili mezi přední mluvčí a účastníky všech stavovských akcí. Stali se členy vlády direktorů, jež zavrhla Ferdinanda Habsburského jako českého krále a zvolila novým panovníkem Fridricha Falckého. V době jeho krátké vlády byl Šlik jmenován nejvyšším zemským sudím.
Tak jak rostly síly finančně lépe zajištěného habsburského tábora, klesaly naděje českých stavů na pomoc spojenců a tím i na konečné vítězství. Mladého Albrechta Smiřického ušetřila krutého osudu nemoc, jíž podlehl na konci r. 1618. Čeští stavové utrpěli osudovou porážku v bitvě na Bílé hoře, která nadlouho změnila poměry a ovlivnila další historický vývoj Českého království. Podpora českých pánů, rozsáhlé konfiskace i utrpení třicetileté války vytvořily nový obraz tohoto kraje.
Závěrem slova stavovského historika Pavla Skály ze Zhoře v jeho Historii české: „... tou nešťastnou a krvavou bitvou na Bílé hoře, před Prahou svedenou, uvalila se na týž národ a vlast naši bída, pád a potlačení dokonalé, z něhož až dosavad Čechové nijak vybřesti nemohli.
